Durch einen Tipp von @paulinsche konnten wir das Problem eingrenzen: Mit einer v2015.1.5er Firmware und dem alten Tunneldigger funktioniert es tadellos.
Entweder hat sich zwischen Kernel 3.10 und 3.18 etwas geändert, was das Problem verursacht, oder es ist durch den Rewrite des Tunneldiggers entstanden.
Weitere Analysen stehen noch aus. Ggfs. mal probieren den neuen Tunneldigger unter der alten Gluon-Version zum laufen zu bringen oder mal Kernellogs lesen, ob sich an der L2TP-Implementierung etwas geändert hat.
Da der TD nur die Rahmenbedingungen schafft, tippe ich hier stark auf den Kernel.