Update:
Jetzt fehlt eigentlich nur noch eine Quelle für die SSIDs.
Wie oben schon gepostet:
http://maps.ffka.hol.es/ scheint eine brauchbare Liste zu sein.
P.S. es sei die Frage gestattet: Gibt’s da irgendwo schon ein APK zum direkten Instalieren?
Dump aus Github:
$ curl -O 'https://github.com/search?p=[1-7]&q=freifunk+ssid+extension%3Aconf&ref=searchresults&type=Code&utf8=%E2%9C%93'
$ mv [...]
$ lynx -dump * | grep "\Wssid = " | sed "s/[^']*'\(.*\)',/\1/" | sort -u
3laendereck.freifunk.net
3laendereck.freifunk.net (5GHz)
<%= @ssid.downcase %>
Freifunk
Freifunk (5GHz)
Freifunk Erfurt
Freifunk-Euskirchen.de
Freifunk-Hennef
Freifunk-Wuppertal(2GHz)
Freifunk-Wuppertal(5GHz)
Maxnet Mesh - Access Point
altdorf.freifunk.net
bent.freifunk.net
bot.freifunk.net
bremen.freifunk.net
Müsste man offensichtlich noch aussortieren. Und das ist leider echt eine ziemlich lange Liste.
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Falls Interesse besteht könnte ich die SSIDs per WebAPI bereitstellen.
Beim Format bin ich flexibel 
Brauchbar ist die Liste leider nicht, da nur „stumpf“ nach „freifunk“ in der SSID gescannt wird. So ist dort auch ein privater AP (pieschen) zu finden, der wpa2 verschlüsselt ist und definitiv nicht zum Freifunk gehört.
Bisher hab ich noch keine APK erzeugt, da ich dies nicht für sinnvoll halte, solange ich noch keine echten Freifunk SSIDs eingepflegt habe. Ich werde mich am Wochenende wohl nochmal ransetzen.
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So, ich habe mich rangesetzt und ein paar SSIDs (die aus dem Github Dump) zur App hinzugefügt.
Außerdem ist es jetzt möglich, auch eigene SSIDs zu der Liste hinzuzufügen. Dazu muss die Datei /sdcard/freifunkautoconnect/user_ssids.csv bearbeitet werden. Die SSIDs werden nach dem unten stehenden Schema eingetragen.
"SSID1"
"SSID2"
"SSID3"
Die Anführungszeichen müssen hinzugefügt werden.
Momentan habe ich noch das Problem, dass die Datei nicht angezeigt wird, wenn ich mein Nexus 4 mit dem PC verbinde. Über eine File Manager App auf dem Smartphone kann ich sie jedoch sehen.
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Ab und zu hatte ich das beim Logger auch! Leider kann ich dir nur Mitgefühl anbieten, keine Lösung. 
Jedenfalls liegt es nicht (direkt) an dir. Android bietet ja keinen direkten Mount an, sondern eine MTP-Verbindung, und ich vermute, dass er neue Dateien manchmal einfach noch nicht indexiert hat, oder so.
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da fehlen jetzt u.a.
ffm.freifunknet
nw.freifunk.net
http://kiel.freifunk.net/ (ja wirklich mit „http://“)
hamburg.freifunk.net
freifunk mesh-net
freifunk mainz
freifunk dresden
freifunk dresden fenster
straelen.freifunk.net
freifunk dresden:mitmachen!
freifunk dresden [1126]
freifunk dresden:unserbäcker
freifunk dresden [1133]
freifunk dresden [1003]
freifunk dresden:3er-verteiler
freifunk dresden [1081]
freifunk dresden [1120]
freifunk dresden:inetcafe-dd
freifunk dresden [1026]
freifunk dresden [1083]
freifunk dresden [1028]
freifunk dresden:queenspub-dd
freifunk dresden:loebtau
freifunk-pieschen
dortmund.freifunk.net
freifunk-mainz-partenheim
freifunk dresden:loebtaux
freifunksb
freifunk internetz mainz
freifunk-kaiserstr.
freifunk dresden [1136]
straelen.freifunk.net (5 ghz)
freifunk dresden [1030]
WTF geht denn da mit Dresden – das kann doch nicht so gewollt sein, oder!? Sind die Freunde vom manuellen Verbinden …?
Vielleicht sind das auch die Mesh-Netzwerke?
„freifunk mesh-net“ scheint zumindest eins zu sein.
Das möchte man natürlich nicht in so einer App haben. …
Halt der Nachteil, wenn man einfach nur wild nach dem Namen scant.
Bis Firmware 3.1.8 wird die SSID mit Freifunk Dresden [Kontennummer] definiert, man darf allerdings einen Namen eingeben, dann heißt der AP anders und das [xxxx] entfällt.
Ab 3.1.9 ist der Doppelpunkt dazu gekommen, wenn man einen eigenen Namen definiert. Bei AP Gruppen (in Planung) haben alle AP den selben Namen, da später dort ein örtlicher Gruppen DHCP zu Einsatz kommen soll.
„freifunk-pieschen“ ist übrigens ein privater AP, der WPA2 verschlüsselt ist, Aufsteller und genauer Ort unbekannt… nur die ungefähre Position. 
*) Meine persönliche Meinung zu manuellen verbinden: 
Aber eine Automatik unterstützt die Firmware noch nicht. Allerdings haben wir hier auch (wie immer) unterschiedliche Lager, ist genau so wie mit dem Splash Screen, per Standardeinstellung ist der eingeschaltet, kann aber updatefest ausgeschaltet werden, das ist auch das Erste was (ich) bei einem neuen AP mache.
@HeptaSean bei meinem Dump habe ich schon genau nach der SSID-Zeile gefiltert, nicht nach der Mesh-SSID. (Edit: Ich sehe du meinst die Liste von adorfer. Da hast du recht.)
@Emploi: Ja, aber was war denn das Argument für so viele verschiedene SSIDs?
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Weiß hier jemand, unter welcher Lizenz das Freifunk Logo genau steht? Hier steht im Wiki unten was von einer Creative Commons Lizenz, allerdings kann ich gerade nicht herausfinden, welche CC Lizenz es genau ist.
Laut File:Freifunk logo.gif - Wikimedia Commons ist es CC-BY-SA 2.5 Generic.
Laut Impressum - freifunk.net vielleicht auch CC-BY-SA 3.0 Unported.
Die ursprüngliche Idee ist Werbung für den jeweiligen Betreiber des Knotens. Die Nummer dient zur „leichteren“ Identifizierung.
Neue Version:
- Mehr SSIDs
- Verändertes Design
- Möglichkeit, die Liste nach Ausdrücken zu filtern
- Fortschrittsbalken beim Hinzufügen/Entfernen von allen SSIDs (auf meinem Nexus 4 hat das schon mal 2-3 Sek. gedauert)
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Neue Version 0.3:
- Neue SSIDs
- Option, sich benachrichtigen zu lassen, wenn ein Freifunk-Netz in Reichweite ist.
- App stürzt nicht mehr ab, wenn der Bildschirm rotiert wird während der Fortschrittsbalken gezeigt wird.
Benachrichtigungen:
Standardmäßig ist diese Funktion deaktiviert und muss zunächst in den Einstellungen aktiviert werden. Eine Benachrichtigung soll angezeigt werden, wenn ALLE folgenden Bedingungen erfüllt sind:
- Es ist mindestens ein Freifunk-Netz in Reichweite
- Das Gerät ist momentan mit keinem Freifunk-Netz verbunden
- Im aktuellen Scan nach Netzwerken ist mindestens ein Freifunk-Netz, das im vorherigen Scan nicht enthalten war.
Die App stößt keine Scans nach Netzwerken von sich aus an, sondern wird als Listener registriert, der jedes Mal aufgerufen wird, wenn Android nach Netzwerken gescannt hat. Ich erwarte daher keine bemerkbare Mehrbelastung des Akkus.
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Mal eine kurze Meinungsumfrage: Momentan ist die Benachrichtigung ja eine „stille“ Benachrichtigung, d.h. sie taucht zwar auf dem Bildschirm auf, aber ohne Vibration oder Benachrichtigungston. Fändet ihr es besser, wenn die Benachrichtigung mit Ton und/oder Vibration käme? Oder vielleicht dem Nutzer in den Einstellungen die Möglichkeit geben, individuell einzustellen, wie sich die Benachrichtigung bemerkbar machen soll?
Fände ich unter den oben genannten Bedingungen gar nicht schlecht, allerdings sollte geprüft werden, ob es mit irgendeinem WLAN verbunden ist. Ich will ja nicht Zuhause die ganze Zeit gesagt bekommen, dass ich doch bitte ins FF wechseln soll, während ich in meinem privaten WLAN bin. Sonst nerven Benachrichtigungen immer, aber die App erfüllt ja eigentlich genau diesen zweck.