Lediglich der CH341A-Chip wird hier mit 5V versorgt.
Die zu programmierenden EEPROM-ICs werden über den ZIF-Sockel Vcc-seitig nicht mit 5V versorgt, dort ist Vcc immer 3,3V.
Spannungs-technisch sind die I/O Pins der 24xx/25xx-Serie recht genügsam, meist sind sie so zwischen 2,5V bis 5V spezifiziert. Wenn der CH341A nun I/O-seitig mit 5V treibt, dann ist trotzdem alles im erlaubten Bereich.
Der Programmer hat die spezifizierte Aufgabe 24xx/25xx I2C EEPROMs zu programmieren, und das macht er gut.
Evtl. Interessante Links: eevblog und DataSheet CH341A
Aber ich drifte vom Hauptthema dieses Threads ab, ist ja jetzt doch etwas hardwarelastig geworden.
EDIT:
Evtl. wäre für weitere HW-Fragen der folgende Thread ein besserer Ort: