Ich nehme an, du bist in einer der Gluon-Communities. Falls nicht, waren sowieso alle Antworten hier (inklusive meiner) nicht so wirklich zutreffend 
Bisschen ausführlicherer Hintergrund:
Ein Switch verknüpft alle angeschlossenen Geräte auf Layer 2, alle sind also auf einem Netz.
Der Freifunkrouter verteilt im Configmodus IP-Adressen via DHCP. Die Fritzbox verteilt ebenfalls IP-Adressen. Dass da Konflikte entstehen ist klar.
Daher ist die Lösung, für die Dauer des Configmodus den Router vom Switch zu trennen, und direkt per Kabel einen Rechner an einen der gelben Ports des Freifunkrouters anzuschließen.
Wenn man nicht immer umstöpseln möchte, sollte man sich mit SSH bekannt machen, denn damit kann man den Router immer managen, auch im laufenden Betrieb. Anleitung hier: SSH-Key einrichten